I 1935 gravede Petter Pejter drængrøfter for Chresten Mørup i engarealet i den da tørlagte mølledam vest for møllen. Her stødte han på stensætning og egetømmer, hvilket medførte, at arkæologer blev tilkaldt. Professor Gudmund Hatt og medhjælper ankom til stedet og udgravede en ca. 50 cm høj stensat vandrende, der førte frem mod en tomt med rester af egestolper, brudstykker af kværnrester (fra en understen med en diameter på ca. 85 cm) og skår af lerpotter. I forlængelse af stensætningen udgravedes to svære egeplanker (Ca. 2½ meter lange 40 cm brede og 30 cm tykke ) der i en afstand på ca. 1-1½ meter var placeret på hver sin side af vandløbet.

Skitsen her er fremstillet ud fra øjenvidneberetning om de udgravede stensætninger, egeplanker, kværnstensrester og lerkrukkeskår.

Professor Hatt daterede fundet til 13-1400 årene. Fundet blev aldrig offentliggjort (Sandsynligvis på grund af 2. Verdenskrigs udbrud og professor Hatts tilknytning til nazipartiet).

Møllen må formodes at være af typen skvatmølle eller underfaldsmølle. Over møllen må vi formode (hvilket stolpehullerne tyder på), at der har været et såkaldt bulhus.

Ved etablering af dambrug øst for møllegården i 1959 blev der fundet egerester af det, som uden tvivl har været et padelblad til et vandhjul.

Førnævnte skvatmølle blev med stor sandsynlighed afløst af en under– eller overfaldsmølle i slutningen af 1500-tallet. For at få tilstrækkeligt fald på vandet blev der lagt en dæmning længere nede ad vandløbet, hvilket har fået lodsejere til at klage. Derfor finder vi et dokument fra 1578, hvor møller og bønder blev frikendt for anlæggelse af den dæmning, " de kun har lavet på kongens befaling".

Ikke alle fæstere af møllen har kunnet opnå et godt udkomme. Således finder vi i Jyske Samling et retsdokument fra 1607 hvor Erik Kaases enke rejser sag mod mølleren for at være dragen af møllen før hans tid var og ladet den vordeløs. 

Herredsfogeden frikendte dog Fru Kirstens Fæster af Ingstrup Mølle idet dommen lød på,  at efterdi det ikke var bevist, at Fæsteren havde fæstet Møllen længere, end han boede i den, og han havde lovlig opsagt den, som var bevist med Tingsvidne, samt ikke havde forsømt den, i den Tid han boede i den, maatte han frikjendes, "indtil bedre bevist vorder".

I matriklen fra 1682 beskrives Ingstrup Mølle således:

I 1787 stæder og fæster Juul (Viskum Hovedgaard) Ingstrup Mølle til Jens Nielsen på de i fæstebrevet nævnte vilkår hvoraf, det blandt andet fremgår, at ... Møllehuset og mølleværket, som nu af nye ere opført på min bekostning … og ...Ingstrup Mølle, som nu da byen skal udflyttes af fællesskabet, bliver tillagt 4 skæp agger og engs hartkorn, så den nu skylder med hvad den  til forhen var henlagt af agger og eng - 0 td 6 skp 0 fdk 0 album og mølleskyld 3 td 5 skp 3 fdk 0 alb.

Dateret 28. juni 1805 opsiger Jens Nielsen sit fæste:

Da jeg har afstaaet mit fæste og lovligen opsagt samme, saa afleverer jeg hermed mit fæstebrev, som tilstaaes af                                                              Ingstrup Mølle 28. Juni 1805 - Jens Nielsen

Et indtryk af møllens  bygninger  og kværne  fra slutningen af 1780'erne. får vi gennem de bevarede brandtaksationer, der for Ingstrup Mølles vedkommende blev foretaget 1806 i forbindelse med overgangen til selveje:

Ingstrup Vandmølle ejes og beboes af signiør Peder Mørup.

a.   Stuehus og møllehuset østen i gaarden 12 fag, 10 alen dyb, ege under– og fyr overtømmer, dels murede og dels klinede vægge, straaetag, til stue, kammer, køkken og bryggers, med lovt, vinduer og døre, en jernbilæggerkakkelovn, en indmuret kobberkedel paa 3/4 tønde, samt 2de skorstene og en bageovn, dels af sten dels af ler, men skorstenspiberne blot af brændte sten, takseret ’a fag 34 Rdl. 1 mark, - er 410 Rdl.

b.   Mølleværket ere indrettet i stuehusets nordre ende, bestaar af 3 kværne, som ikkuns har et vandhjul, der gaar med overfalds vand, disse 3de kværne med alt tilbehør: 
1.   rugkværnen for 500 Rdl.
2.   boghvedekværnen for 400 Rdl.
3.   pillekværnen for 400 Rdl.
·   er 1300 Rdl. 

c.   Det vestre hus, 12 fag, 9 alen dyb, ege under– og blandingsovertømmer, klinede vægge og straatag, til lade, stald, fæ– og faarehus, takseret pr. fag til 20 Rdl. - I alt 240 Rdl.

                                                                                          I alt 1950 Rigsdaler